ホツマツタヱに記される「宮」の中には、神社という形で現存しているものもある。
一方、全国各地の神社の中には、九州の地名を全国各地に写す地名偽装に伴って建てられたものも少なくない（ただし、中には、偽装の意図はなく、偽造された歴史にもとづいて民間レベルで建てられたものもあると思われる）。
九州・山陰・四国北西部に残る神社
- 伊佐宮（イサナギとイサナミの最初の宮）：宮地嶽神社（福岡県福津市宮司元町）
- 卯川宮（オオトシ（サルタヒコと偽装）の宮）：福徳稲荷神社（山口県下関市豊浦町宇賀） ※祭神：ウカノミタマ（オオトシ）
- ミツハメの社（タカ姫の蟄居先）：丹生神社（佐賀県嬉野市塩田町） ※祭神：ミツハメ
- 新治宮（タカヒコネ（シマツウシ）の宮）：宗像大社・辺津宮（福岡県宗像市田島） ※祭神：宗像三女神 ≫「（オオナムチの）子のシマツ 三姫祀る」
- 津軽大元宮（オオナムチの配流先の宮）：宇佐神宮（大分県宇佐市南宇佐） ※奥宮は大元神社
- 松尾（サルタヒコ（オオヤマクイ）の晩年の宮）：須賀神社（佐賀県小城市松尾） ※古事記の暗号による
- 鳥羽（タケフツの宮）：楠神社（愛媛県西条市楠字船戸甲） ※祭神：御井神（タケフツの父カゴヤマ）、古事記と一寸法師の暗号による
全国各地に写された神社
- 鹿島神宮（茨城県鹿嶋市）：タケミカツチの鹿島宮（佐賀県鹿島市）
- 香取神宮（千葉県香取市）：フツヌシの香取宮（長崎県布津町） ※フツ地名
- 息栖神社（茨城県神栖市）：タカ姫の息栖宮（佐賀県鳥栖市） ※誤写か意図的な偽装か
- 大宮氷川神社（埼玉県さいたま市大宮区）：ヤマトタケ（オウス）の大宮（大分県国東市） ※付近に武蔵地名あり
- 白山比咩神社（石川県白山市）：ココリ姫の白山（山口県萩市大井） ※城山地名あり
- 諏訪大社（長野県諏訪市）：タチカラヲ（タケミナカタ）の配流地（長崎県雲仙市小浜町・諏訪の池）
- 三島大社（静岡県三島市）：ツミハの宮（愛媛県松山市） ※三島の名はツミハの義父イワマドの別名ミシマミゾクイから
- 熱田神宮（愛知県名古屋市熱田区）：ミヤヅ姫とタケウチ宿禰の宮（比定地不詳） ※熱田は「愛知田」の転訛。佐賀県唐津市に相知地名あり
- 伊勢神宮（三重県伊勢市宇治館町）：ヤマト姫の伊勢飯野宮（大分市猪野付近）
- 豊受大神宮（伊勢神宮・外宮、三重県伊勢市豊川町）：トヨウケの崩御地（京都府宮津市・元伊勢籠神社の奥宮眞名井神社）
- 松尾大社（京都市西京区嵐山宮町）：オオヤマクイ（サルタヒコ）の宮（佐賀県小城市松尾） ※古事記より
- 日吉大社（滋賀県大津市坂本）：同上 ※オオヤマクイが一枝山（比叡山）を造営したことから
- 春日大社（奈良市春日野町）：シラタマ姫とミホヒコの春日国（福岡県筑紫野市二日市周辺）
- 日前神宮（和歌山市）：ワカ姫の系譜を継承した伊勢アヒワケの玉津宮・天日前宮（大分県豊後高田市玉津） ※ホツマツタヱはワカ姫自身の宮と偽装
- 国懸神宮（和歌山市）：津軽大元宮・国懸（大分県宇佐市南宇佐） ※「国懸」とは新羅とヤマトの同君連合の宮という意味