黄泉国神話
菊理媛神
第十の一書として、イサナギとイサナミが絶交する場面で「菊理媛神が何かを申し上げて、それを聞いたイサナギが褒めた」と記される。
これは古事記の「黄泉津大神」の暗号に呼応する暗号である。
天孫降臨神話
鹿葦津姫、またの名は神吾田津姫
コノハナサクヤ姫の本名（ホツマツタヱはアシツ姫とする）として記されるこの名は、コノハナサクヤ姫に4人の人物が融合されていること、その人物が誰であるかを知らせる暗号である。
鹿はアメミチ姫、葦津はアシツ姫、神はタマネ姫、吾田津はアタツ姫である。一書では本名を「神吾田鹿葦津姫」としていて、四人分というメッセージがより明確になっている。
アメミチ姫が「鹿」なのは、再婚相手タカヒコネの子孫が後に春日の連合相手（鹿）となったから、タマネ姫が「神」とされるのは、オオトシの子孫だからである（「○○カミ」は、地名であれば「○○守」、人名や贈名であれば「○○神」と解釈することになるが、「生前の人名＋神」と記される人物はホツマツタヱ前編においてはわずか三人、アマテル神、トヨケ神、そしてオオトシ神しかいない）。
≫コノハナサクヤ姫の三つ子
仲哀天皇
岡県主の祖先・熊鰐
熊鰐が天皇に言った言葉は、ホツマツタヱの地理に関する補遺的暗号である。
穴門から向津野大済までを東門：関門海峡から向津具半島までが玄界灘の制海権の東限。
名籠屋大済を西門：東松浦半島（唐津市鎮西町に名護屋地名あり）が西限。
御筥：ミナカヌシが渡来した「箱国」が博多湾沿岸にあったことを示す。
御甂：博多湾を「鍋」に喩えることで、有明海が「釜」に喩えられていたことを知らせる。
逆見海が塩地：相模の海とは有明海のことで、そこが「塩釜」と呼ばれていたことを知らせる。また、逆に、博多湾が淡水の潟湖であったことをも示している。