ホツマツタヱの暗号の基本は隠語である。
玉、鏡、剣などの神器だけでなく、動物や植物、自然物から人工物まで、ありとあらゆる語が隠語となっている。2023年4月1日現在88語の隠語が発見されている。≫隠語一覧
古事記や万葉集ではホツマツタヱやフトマニにはない隠語も用いられている。特に万葉集は、ホツマツタヱにおいて鶴や鶏が女王の隠語であることにならって、鶯や霍公鳥、鶉などを女王の隠語としている。2023年4月1日現在8語の万葉集独自の隠語が発見されている。≫万葉集独自の隠語
古事記の暗号の特徴はアナグラムを含む類音の多用である。≫類音一覧（準備中）
ホツマツタヱでは、一人の人物の事績が複数の異なる人物名で記されたり、逆に大がかりな神話では一人の人物に複数の人物の事績が融合されたりする。特に別名が多いのはタカヒコネで、コトヤソ、ウツロヰ、シホカマ、マウラ、オオヤマスミ、シホツツの名で、その事績が記される。また、海幸山幸神話の海幸には、ホオテミ、カゴヤマ、トカクシ、シイネツヒコの事績が融合されている。したがって、暗号解読にあたってはこの種の攪乱に十分注意して人物を比定することが特に重要である。≫人名事典
また、ホツマツタヱの攪乱には、出来事の順序を入れ替えたり、他の時代の記事に挿入したりするというものがある。この攪乱にも十分な注意が必要である。≫ホツマツタヱ暗号一覧