- 暗号書：ホツマツタヱ
- 補遺的暗号書：ミカサフミ・フトマニ
- 正史編纂時の暗号書：日本書紀・古事記・万葉集
- 第二次暗号計画：古今和歌集・延喜式・土佐日記・竹取物語・伊勢物語・口遊・拾遺和歌集
- 第三次暗号計画：今昔物語集・新古今和歌集・釈日本紀・風土記逸文・寺社縁起等・御伽草子等
メインの暗号書
- ホツマツタヱ（前編前147年／後編250年）：隠語・隠文によって史実を伝える暗号書 ≫ホツマツタヱ暗号一覧
補遺的な暗号書
正史編纂時につくられた暗号書
- 日本書紀（720年）：奈良時代の政権がつくった正史。ホツマツタヱの解読を助けるための暗号とみなせるものが散見される ≫日本書紀暗号一覧
- 古事記（712年？）：正史編纂時に平行して編纂された。ミカサフミに倣ったホツマツタヱ解読のための補遺的暗号書 ≫古事記暗号一覧
- 万葉集（759-780年）：フトマニに倣い和歌集の形をとった補遺的暗号書 ≫万葉集暗号一覧
第二次暗号計画
- 古今和歌集（905年）：三代集の一番目 ≫古今和歌集暗号一覧
- 延喜式（905-927年）： ≫暗号「大祓詞」
- 土佐日記（934年）： ≫土佐日記暗号一覧
- 竹取物語（成立年代不詳）：カグヤ姫をめぐる史実に特化した暗号書 ≫竹取物語暗号一覧
- 伊勢物語（成立年代不詳）：歌物語。暗号解読指南書 ≫伊勢物語暗号一覧
- 口遊（971年？）：源為憲による児童向け学習教養書 ≫考察記事
- 拾遺和歌集（1005-07年）：三代集の三番目 ≫拾遺和歌集暗号一覧
- 後拾遺和歌集（1086年）：八代集の四番目 ≫後拾遺和歌集暗号一覧
- 詞花和歌集（1151-54年）：八代集の六番目 ≫詞花和歌集暗号一覧